Aggiungere byte in fondo ad un eseguibile normale non ne dovrebbe compromettere il funzionamento, a meno che l'eseguibile in questione non sia già modificato in questo senso in modo da portarsi dietro dati aggiuntivi. In questo caso le conseguenze sono imprevedibili.
Puoi spiegarci esattamente perché devi cambiare l'hash del file? Forse ci sono modi migliori per risolvere il tuo problema.