Per quanto riguarda l'utilizzo delle connessioni persistenti, ti rimando al manuale ufficiale:

http://www.php.net/features.persistent-connections

Per quanto riguarda il problema sollevato dal tuo provider, la frase "il sito fa richiesta di troppe query per pochi visitatori" è piuttosto chiara: DEVI ridurre il numero di query per richiesta HTTP. Sul come, mi sono già espresso in precedenza.