Beh ti consiglio di farti un echo del foprmato che ti arriva.

Pensa che se uploadi un jpeg da ff al server arriva type "jpeg".
Stesso file da IE arriva al server "pjpeg".

Per cui no fidarti troppo dell'estensione del file che vedi nel file manager.
Fai un echo del tipo fi file che ricevi e controlla che sia presente nel tuo array di file accettati.