Solo per dirti che software che proteggono la cartella senza conversione hanno effetto solo se parte QUEL sistema operativo.
Cioè se il pc va dal tecnico che toglie l'hardisk e lo attacca ad un altro pc la protezione alla cartella è inefficace.

Un ottimo software gratuito per fare ciò che cerchi è truecrypt.
Il sistema però è un po' diverso.

Crei un file, ad esempio, di 10 GB.
In pratica tutto ciò che vuoi proteggere, file e cartelle, viene inserito in questo file unico
che, nel momento della password inserita correttamente, diventa un hardisk virtuale in explora risorse.
E' ottimo perchè sicurissimo (il tecnico di prima vedrebbe solo uno strano file gigante ma non il suo contenuto) e soprattutto non agisce sui file che non vengono criptati singolarmente quindi senza perdita di tempo per contenuti di grandi dimensioni, ma solo l'accesso al file unico è iperprotetto con sistema AES e simili.

Lo uso ormai da 2 anni e devo fare un plauso a chi lo ha inventatro.