Sì, in sostanza devi mettere il tuo file Powerpoint in una cartella apposita, ad esempio Progetto, e dentro Progetto ci metti la cartella Video.
Così i link li metti direttamente verso Video\filmato1.avi, ecc...
Masterizzando, metti il file Powerpoint trasformato in Flash nel CD fuori da cartelle, crei la cartella Video con dentro i filmati.
In sostanza la cartella Progetto diventa il contenuto del tuo CD.