Diciamo che chiedi la luna con questa affermazione (che presenti tutti i casi possibili)...i casi possibili nello sviluppo di applicazioni sono infiniti....in ogni caso per html non serve un manuale...vai sul sito del w3c, studiati la reference e il gioco è fatto...se proprio vuoi un manuale sul sito di html.it c'è la guida! oltre all'html ti consiglio di darti uno sguardo all'accessibilità, usabilità e CSS.
Per quanto riguarda php ti consiglio di andare il libreria poichè quello che si trova sul web non l'ho mai trovato chiaro e completo come un libro!

p.s: a eclipse hai messo il plug-in per php? io uso aptana studio, lo preferisco a eclipse