hai ragione Xinod, è che avevo letto di getto e non avevo capito che caricava l'immagine uplodata tramite ajax.
a questo punto allora come dici tu deve modificare il codice (che non conosciamo) di ajaxupload.js ed eseguire dopo la chiamata Ajax la funzione di jcrop, onSuccess o onComplete, non uso jquery e non mi ricordo la sintassi adatta.