alert é javascript e non php e no, non si può configurare il layout.

Per quello che chiedi credo sia meglio far comparire l'alert direttamente sulla pagina utente in questo modo:

a login effettuato fai un redirect alla pagina utente passando un parametro con get, tipo paginautente.php?login=ok

la pagina utente iniziarà così:

if(isset($_GET['login']) AND $_GET['login'] == "ok")
{
echo "<script>alert('login effettuato!');</script>";
}