Non ha problemi Vista ma è il tuo programma a non essere adeguato alle caratteristiche di sicurezza di Vista.

I file che un programma deve leggere non possono stare nella stessa cartella del programma ma in apposite directory dedicate ai dati dell'applicazione.

Dovrai modificare il programma in modo che cerchi i suoi file in tali directory e l'installer in modo che distribuisca i file in modo corretto.