Ciao

non credo che i tuoi timori siano fondati. La copia degli oggetti cartelle e file eredita i permessi che gli stessi avevano in origine. Sarebbe diverso se tu installassi da zero tali file imponendogli dei permessi ad hoc oppure se spostassi i file e le cartelle.

Puoi provare il backup di windows per tale operazione. Backuppi il tutto su un'altra macchina, provi a cancellare un file di uno dei tuoi siti e poi fai il ripristino. Vedrai che funzionerà. Altrimenti non avrebbe senso il concetto stesso di backup.