Ciao,
ti consiglio di usare un framework, ad esempio jquery (http://www.jquery.com).
Sul sito trovi anche dei tutorial.
Se utilizzi un framework non incappi in rogne di vario genere con i browser.

Per eseguire una determinata funzione a scadenze regolari di num_millisecondi puoi usare la funzione javascript

setTimeout("nome_funzione", num_millisecondi);

Saluti Mauro