Credo che abbia ragione goikiu: la pagina viene interpretata dall'interprete PHP solo se è salvata come .php.
Un'altra cosa, forse sbaglio, ma con
codice:
<script language="JavaScript" type="text/javascript" src="prova.php"></script>
la pagina prova.php non viene letta come javascript? In questo caso non puoi pretendere che venga letta come php...
In ogni caso utilizzare un frame sarebbe secondo me la soluzione più sicura.