beh, farei che quando l'utente preme su invia storo il messaggio con il timestamp (non ricordo il comando esatto), poi al successivo inserimento farei una select, WHERE utente = (sessione_nomeutente) ordinato per timestamp (dal più recente al più vecchio), limit 0,1 (solo un record).
Poi farei un controllo sui secondi trascorsi, quindi rilancio un timestamp, se la differenza tra i due è minore di 180 lo avviso che deve attendere (con javascript ad esempio), mentre se son passati quei 180 secondi inserisco il valore .

Gestirei tutto da database poichè comunque se io chiudo il browser e lo riapro creo una nuova sessione, in quel determinato caso a meno che te salvi il dato in un cookie o in un database io potrei spammare quanto mi piace no?