chiaramente come proponi tu e una soluzione, che anche io utilizzo, però se prepari immagini per il web devi unire i livelli crei una nuova immagine e dopo devi tornare indietro. Fare questo per molti elementi di un layout può essere scocciante e rischi di dimenticare dei livelli uniti.
Io penso che esista un comando che ti permetta di esporta in qualsiasi formato una parte di una immagine effettuando semplicemente una selezione.