Una volta creato l'm-file con la definizione della funzione, devi settare l'ambiente in maniera tale che cerchi le funzioni anche nella directory che desideri (se non è una di quelle di default). Per questo ti basta fare

file -> Set Path -> Add Folder

e aggiungi la cartella che ti interessa. Poi con ok chiudi la finestra di dialogo appena aperta e con save per l'appunto salvi le impostazioni.

Nel caso ti interessasse aggiungere una cartella con relative sottocartelle ti basta scegliere

"Add with Subfolders"

Fatto quello, ti basta semplicemente scrivere il nome della funzione dal prompt di comandi (ovviamente con relativi argomenti, se ne ha).

Tutto ciò almeno con la versione 7.5, ma immagino che sia esattamente la stessa cosa con la 8 e con quelle non troppo precedenti.