Scusa ma in generale quando si vuole eseguire uno script (ricordiamo che il MATLAB è interpretato) il sistema deve conoscerne la locazione... se dalla shell di Linux vuoi eseguire uno script bash, o questo si trova in una delle directory della variabile d'ambiente PATH, o nella directory di lavoro attuale oppure non c'è modo di eseguirlo... cosa simile per Windows, tra l'altro.

Alternativamente a quello che ti ho detto quindi non c'è molto da fare... a limite, se non vuoi settare il path dell'ambiente matlab, puoi spostarti con il comando "cd" tra le directory fino a che non raggiungi la cartella dove hai messo la funzione da eseguire. Puoi controllare la directory attuale con pwd, e il suo contenuto con ls (come per la shell di Unix).

Altre soluzioni davvero non penso ci siano :]