allora dovresti innanzitutto leggere la documentazione riguardo la gestione dei files in php

le funzioni che solitamente si usano sono :
Apertura
fopen(...) ,
Lettura
file_get_contents(...) , file(...) , fread(...)
Scrittura
fwrite(...)
Chiusura
fclose(...)

Quindi diciamo la procedura std e' :

apro il file
leggo il contenuto
gestisco il contenuto
chiudo il file

esempio lettura

1) $contents = file_get_contents("mio_file.txt");

2) $contentsArray = file("mio_file.txt");

3)
$filename = "mio_file.txt";
$fp = fopen($filename , "r");
$contents = fread($fp, filesize($filename));

esempio scrittura

$filename = "mio_file.txt";
$fp = fopen($filename , "w");
fwrite($fp , $testo , strlen($testo));
fclose($fp);

esempio di accodamento testo

$filename = "mio_file.txt";
$fp = fopen($filename , "a");
fwrite($fp , $testo , strlen($testo));
fclose($fp);



Come vedi devi usare questi set di funzioni per gestire i files.
Per cancellare il conetnuto di un file basta che fai :

$testo="";
$filename = "mio_file.txt";
$fp = fopen($filename , "w");
fwrite($fp , $testo , strlen($testo));
fclose($fp);