Uhm,
io di base userei comunque include() in modo che se per sbaglio metto da un'altra parte del mio codice (della stessa pagina) un'inclusione allo stesso file mi generi errore di eventuale ridefinizione di una funzione.

D'altro canto se devo fare un sito in fretta potrei usare l'include_once() che non mi genera questo errore e sistemarlo poi in un secondo tempo.

Penso esistano altri casi ma non mi vengon al momento in mente altri casi possibili