Forse non ti è chiaro che JFileChooser è una classe che permette all'utente di "selezionare" un file da far aprire alla tua applicazione... non c'entra assolutamente nulla con l'apertura di programmi esterni.

Se da Word selezioni il menu "File -> Apri" si apre una finestra di dialogo che serve ad aprire un file all'interno di Word, non certo un PDF, che va aperto con Acrobat. JFileChooser serve proprio a questo: far apparire la finestra di apertura, per ottenere un riferimento ad un file, ma non a lanciare una applicazione esterna (come Acrobat Reader).


Ciao.