Non si può dire "come si fa"... è troppo lungo e complesso.
Inizia dalle cose cose semplici, poi arriverai a quelle più complesse come i linguaggi di programmazione lato server e la gestione dei database.
Su questo sito e su gooogle trovi un sacco di cose da leggere. Prova a cercare parole come "login" o "login php script" ed altre cose simili...