l'applicazione che eseguo è la seguente:
import java.io.*;
public class stdin {
public static void main(String[] args) {
try{
//inizio codice

try{
System.out.println("scrivi qualcosa:");
char scelta=(char)System.in.read();
System.out.println("hai scritto:"+scelta);
}catch (Exception e){
System.out.println("errore");
}

l'avvio tramite il processBuilder in questo modo:
ProcessBuilder("java","-verbose","-classpath", classpath,nomeFile);

la riga 'scrivi qualcosa' viene visualizzata ma poi quando digito un carattere non succede più niente...