Allora, in generale è meglio usare un implementazione più generica, in modo da non doversi basare su convenzioni come i nomi delle checkbox, poi non capisco perchè hai due oggetti (un pulsante e una checkbox) che compiono la stessa funzione.

Per esempio potresti togliere il bottone lasciando solo la checkbox di checkall?

codice:
<tr>
<td width='20'>5</td>
<td width='50'>nome fenomeno</td>

<td>
  <input type='checkbox' name='check[5][0]' value='N' onclick='seleziona_tutti(this)'/>
</td>
<td><input type='checkbox' name='check[5][1]' value='S' /></td>
<td><input type='checkbox' name='check[5][2]' value='S' /></td>
<td><input type='checkbox' name='check[5][3]' value='S' /></td>
</tr>