Filippo credo lui intenda, cambiare tutti i LINK che vengono creati all'interno del sito...

Ad esempio nel menu, se prima aveva

Codice PHP:
[url='index.php?pagina=news&id=2']Contatti[/url] 
Dovrà diventare con la nuova regola

Codice PHP:
[url='news_2.html']Contatti[/url] 
Quindi la risposta è si, dovrai cambiare tutti i link generati dal PHP, o cmq che erano stati scritti PRIMA del mod_rewrite