Stai mischiando header C, header C++ vecchio stile e header C++ normali. Gli include corretti (anche se di conio.h non vedo la necessità) sono:
codice:
#include <cstdlib>
#include <iostream>
#include <fstream>
#include <conio.h> //non è standard e non mi pare neanche che sia utilizzato
#include <ctime>
#include <windows.h>
Piuttosto, cerca di evitare tutte quelle chiamate a system (perché: 1, 2, 3); per la pulizia dello schermo ti basta scrivere una funzione del genere:
codice:
void ClearScreen()
{
    COORD coordScreen = { 0, 0 }; 
    DWORD cCharsWritten; 
    CONSOLE_SCREEN_BUFFER_INFO csbi; 
    DWORD dwConSize; 
    HANDLE hConsole = GetStdHandle(STD_OUTPUT_HANDLE);  // Handle a stdout
    //Ottiene i dati della console
    GetConsoleScreenBufferInfo(hConsole, &csbi); 
    //Calcola il numero di blocchi
    dwConSize = csbi.dwSize.X * csbi.dwSize.Y;
    //Riempie tutti i blocchi con spazi
    FillConsoleOutputCharacter(hConsole, TEXT(' '), dwConSize, coordScreen, &cCharsWritten);
    //Reimposta gli attributi dei caratteri
    FillConsoleOutputAttribute(hConsole, csbi.wAttributes, dwConSize, coordScreen, &cCharsWritten);
    //Riporta il cursore alla prima riga e prima colonna
    SetConsoleCursorPosition(hConsole, coordScreen); 
}
mentre al posto di system("pause"); puoi usare
codice:
cout<<"Premi Invio per continuare...";
cin.ignore();
Inoltre al posto della _beep (non standard, non so dove tu l'abbia pescata) usa la Beep di Windows.