se le tue necessità sono basilari non vi è alcuna differenza. E' ovvio che php ma anche apache e mysql sono stati sviluppati per linux e su linux ed in seguito adattati a windows e dunque in ambiente linux si trovano più a loro agio.
Vi sono tutta una serie di cose che si usano ma che esistono solo su linux, come ad esemipo i chmod. Detto questo, ti ripeto, se come dici sei "inesperta" non ti accorgerai della differenza