Avere dischi separati per i due SO ed andare a sovrascrivere il loader di windows è puro sadomasochismo , a quel modo ogni volta che devi reinstallare wincozz saluti stupidamente grub.

installa ubuntu facendogli mettere grub sull' mbr della sua unita' , poi da bios inverti l' ordine di avvio.
Quando ti ritroverai a dover reinstallare wincozza sarà sufficente disabilitare da bios l' unità ubuntu per reinstallare wincozza senza perdere grub e sopratutto eviti anche le più remote possibilità che la sovrascrittura del loader di wincozza crei problemi al SO.