1 e 2 sono due valori arbitrari, uno più piccolo dell'altro. Semplicemente se il record è quello che cerchi (nel tuo esempio 3) assegna all'alias ordine il valore 1 e per tutti gli altri record il valore 2. Quindi ordini prima su tale campo e, a parità di ordine per tutti gli altri record, procedi normalmente con l'ordinamento alfabetico.

Volendo puoi anche riscrivere la query così

codice:
select * from tabella order by if(id = 3,1,2),nome