Questo se parliano di un applicazione a thread singolo.

stoppo il timer per sicurezza: scatta ogni 500 millisecondi, se quando premo il button prima di eseguire SetForegroundWindow(hWnd) quello proprio perché è arrivato al 500.mo millisecondo mi cambia l' hWnd, posso correre il rischio di attivare un altra finestra... o no?
No, quando si avvia l'evento del Button_Click sicuramente la routine del Timer è terminata e questa non può ricominciare fino a che la ruotine dell'evento non termina.

cioè, il timer non scorre sempre e comunque, qualsiasi routine in quel mentre sia in esecuzione?
No.

cioè, se eseguissi una routine che impiega 10 secondi a terminare, se ho un timer settato a un secondo che mi fa comparire una finestrella che dice "ciao", la finestrella non comparirebbe 10 volte in quei 10 secondi?
No, comparirebbe ogni 10 secondi.

ho tolto il timer.stop e timer.start... nulla cambia
Infatti non avevamo detto che il problema era quello, ma che era probabilmente inutile stoppare il Timer.

incredibile... l' unica possibilità che mi viene in mente è, appunto, che esattamente in quello stesso istante scatti l' evento timer che in qualche modo svii il codice dall' evento button_click... non vedo altra spiegazione... o no??
Se l'evento del Button parte lo deve per forza terminare anche se, in un'applicazione multithread, si dovesse avviare il timer.