Ho Vista anche io, forse non ho capito bene cosa vuoi fare, perchè così il line in si disabilita.

La linea di ingresso che vuoi disabilitare esattamente qual'è ?
Forse non è il cosidetto Line in di sistema ma l'ingresso microfono delle cuffie ?
Se è così, devi cercare quell'ingresso e, sempre da pannello di controllo audio, dovresto riuscire a disabilitarlo.