Ciao, premesso che Ccleaner non ha necessità di aggiornamenti come un antivirus, ma soltanto per avere installata l'ultima versione, dove possono essere stati risolti alcuni problemi delle versioni precedenti, ecco come l'ho impostato io.

Il programma effettua principalmente due tipi di operazioni, la pulizia del sistema e l'analisi del registro alla ricerca di voci "morte".
Facendo scansionare a Ccleaner tutto, si rischia di perdere anche dati importanti come password memorizzate, memoria dei siti visitati anche se non inseriti nei Preferiti/Segnalibri, cancellazione di programmi installati solo perché non li stai usando...

Per cui ecco cosa io lascio disattivato, nella versione 2.20.920:
In Pulizia:
- Internet Explorer, Cronologia autocompletamento moduli: perché così se entro nel sito di Libero o Yahoo, o in un forum, mi basta digitare la prima lettera del nickname ed esso appare già completo.
- Sistema, Collegamenti menà start e Collegamenti sul desktop: perché devono sparire dei collegamenti che ho creato io? Lasciamoli al loro posto.
- Avanzate: Cache ordinamento menù, Cache posizione/dimensione finestre, Cronologia assistenza utente, File Log IIS, Cartelle e file personalizzati, Bonifica spazio libero: motivi come sopra, sono dati che possono servirmi... oppure nel dubbio meglio lasciarli intatti!
- Firefox/Mozilla, Cookie, Cronologia Internet, Informazioni modulo salvate: stesse ragioni dette per Internet Explorer.
- Applicazioni: qui dipende dai programmi che hai sul tuo pc... In sostanza ogni voce che attivi ti elimina i file recenti aperti con quel programma.
- Internet: idem come sopra.
- Multimedia: idem.
- Utilità: idem.
- Windows: idem.

In Registro:
Ho disattivato Installer, Software obsoleto e Avvia con Windows, perché attivandoli Ccleaner mi ha perso per strada delle cose...

Se hai altri dubbi, chiedi pure, o consulta il link suggerito da patel.