In linea di massima si, ti fai un paio di file .bat con istruzioni del tipo

net stop mssqlserver

net start mssqlserver

e ne scheduli l'esecuzione quando vuoi con le operazioni pianificate

Non è però una bella cosa e sarebbe forse meglio capire se si può evitare; il backup del tuo sito comprende anche la cartella in cui si trovano i file .mdf e .ldf del database SQL Server ?

Potresti allora invece schedulare il backup del database (con le funzionalità di backup e di schedulazione messe a disposizione da SQL Server stesso). Questo ti crea un unico file di backup (che metterai in una cartella a scelta e che potrai copiare quando vuoi)
Poi eviti di copiare la cartella con i file .mdf e .ldf (che non ti serviranno più) e così lasci il servizio sempre attivo