non è necessario fare il reload tramite javascript, basta scrivere bene il codice

se consideriamo 200 byte a riga, quindi 200 caratteri, dipende da che ci sta dentro, ma consideriamolo come media viene fuori che servono fino a 22,40mb di memoria per il secondo file e 885kb per il primo file. Quindi i dati sono circa 24mb (abbondiamo) se poi ci mettiamo un 4 mb di dati aggiuntivi di php di vario genere [ad esempio un array con dentro le righe, o un array di array] siamo a 28 mb (ed abbiamo abbondato)

@adileo
posta la dimensione complessiva dei file e la procedura logica che esegui per fare il confronto.

se non è un problema di dimensione dei file è possibile/probabile che si possa ottimizzare seriamente il tutto

considera che se devi fare i confronti la cosa più conviente, sicuramente, è metere in cache il file più piccolo e confrontare riga per riga la singola riga letta dal file più grande ... però è solo un ipotesi, tutto dipende da quello che fa il programma ma ad esempio, seguendo questo procedimento, il software non dovrebbe consumare più di un paio di mb e l'esecuzione dovrebbe durare poco e niente.

PS: ma per caso ti carichi in memoria tutti e due file e poi li splitti e poi li risplitti e simili senza mai deallocare le variabili precedenti?