Quale parte della frase:
"Non puoi assegnare id uguali a più elementi in una pagina!"
non hai capito?

se fai:
codice:
<form id="miaform">
    <input type="checkbox" name="mieicheck" />
    <input type="checkbox" name="mieicheck" />
    <input type="checkbox" name="mieicheck" />
    <input type="checkbox" name="mieicheck" />
    <input type="checkbox" name="mieicheck" />
</form>
poi puoi, da fuori l'iframe:
codice:
    oggettoMiaForm = document.getElementById("IdIframe").document.getElementById("miaform");
    for (var i=0; i<oggettoMiaForm.mieicheck.length; i++) {
        oggettoMiaForm.mieicheck[i].checked = true;
    }
Dovrebbe (o potrebbe?) andare.
br1, cavicchiandrea, correggetemi di corsa se sbaglio!

HTH
Zappa