Beh potrebbe essere davvero quello il motivo!
Avrei un'altra soluzione ma non so se ti può andare a genio.
Ogni volta che formatto un PC con HD SATA mi prendo la briga di creare un CD/DVD nel quale inserisco il Driver SATA in modo da permettere all'hard disk di essere riconosciuto correttamente da subito.
Ti consiglio di farlo tanto in rete trovi un sacco di guide.
Una volta integrato il driver Sata nel disco di installazione di XP entri nel BIOS e ripristini il SATA MODE. Poi fai il boot dal CD "modificato" e formatti.