Immaginavo che il problema fosse Flash.
Questo perché conosco il programma (anche se sono uno che lo utilizza davvero poco) e so benissimo come funziona.
Probabilmente, visto che il SWF viene scaricato completamente nella cache del browser, è da ottimizzare il codice del SWF, in quanto troppo pesante da gestire in tempi di esecuzione ottimali.
Prova magari ad eseguire dei pre-loader parziali delle varie aree di cui è composta l'interfaccia grafica, per far capire ai tuoi utenti che una zona del sito è in via di visualizzazione.
Prova magari ad importare SWF differenti (e che quindi contengono solo piccole porzioni del tuo codice complessivo) in un SWF globale che ti funziona da contenitore, in modo che venga caricato di volta in volta solo lo stretto necessario.

Non so cos'altro suggerirti: prova a postare nel forum di Flash.
Lì si che ci sono persone che possono darti una mano importante per migliorare il tuo script.