non è esatto: è sconsigliato l'uso di position absolute per posizionare tutti gli elementi della pagina, cosa che viene fatta automaticamente da alcuni programmi che "esportano" dei template grafici in html

questo perchè ci sono dei problemi di accessibilità (ridimensionare il carattere può portare a sovrapposizioni non volute in browser meno recenti), di manutenzione (incastrare un nuovo elemento in mezzo non riguarda dal flusso degli elementi ma da coordinate assolute), di scalabilità, se si utilizzano png di sfondo in IE6, se si vuole avere un sito che scala bene a diverse risoluzioni, varie ed eventuali... etc etc..

Se usato quando effettivamente è necessario usarlo, in sé non comporta alcun problema