Effettivamente la quantità di aggiornamenti è notevole.
Uso fedora (ancora la 9) per lavoro e non ho mai avuto problemi. Tutti i softwares che mi servono, e non sono molto comuni, ci sono e fungono bene.

Per yum prova ad installare il plugin "fastestmirror". Ti seleziona i server più veloci. Dovrebbe migliorare la situazione. Inoltre dalla 11 funziona anche il plugin presto che dovrebbe servire a diminuire la dimensione degli aggiornamenti.
Personalmente fastestmirror mi funziona molto bene e si nota la differenza. Presto bha non ho ancora capito se riduce veramente o meno