Lo stopAllSounds (); funziona sempre.
Scartata la prima ipotesi dell' "attacco doppio", resta da vedere se nelle proprietà dell'swf che richiama il .FLV ci sia (o meno) un settaggio del tipo: "Audio = Ciclo" o qualcosa del genere. Ti confesso che non manovro con i FLV da parecchio tempo. Il suono, sebbene inglobato al video, vive, nel FlashPlayer, "di vita propria" e quindi potrebbe proseguire anche allo scaricamento (chiusura) del .FLV. La dimostrazione della "vita propria" dell'audio la riscontri quando un filmato, in un dato momento, ha l'audio fuori sinc rispetto al video (audio e video sono due streaming che esistono in due buffer distinti).