Sei sicuro che lo scan in questione sia davvero correlato all'antivirus? Di solito gli scan durante l'avvio di Windows sono controlli di coerenza del disco; verifica se nella schermata della scansione si parla di "controllo di coerenza" o di "chkdsk".
Per il resto, prova ad avviare il PC in modalità provvisoria per poi disinstallare da lì l'antivirus.