Guarda che la risposta alla tua domanda è nel codice stesso che hai postato.
Te usi fwrite, per cui vai a scrivere in un file di testo, per cui tutto quello che metterai come stringa da scrivere nel file sarà interpretata come semplice testo.
Se inserissi del codice Javascript, tanto per fare un esempio, questo non sarebbe interpretato, ma semplicemente trascritto.

È in fase di estrazione di quella stringa che verrà fatto il lavoro di conversione di alcuni caratteri in caratteri speciali interpretati diversamente.