Se ne erro, se ne è già discusso ...

Il problema dipende molto probabilmente da una scarsa ottimizzazione dell'algoritmo che utilizzi. Inoltre la scelta del PHP non è la migliore per elaborazioni di quella portata. Probabilmente lo stesso algoritmo implementato con un linguaggio compilato garantirebbe comunque performance migliori.

Ad ogni modo viste le tue competenze è difficile tu sia in grado di ottimizzare l'algoritmo che stai utilizzando se non ti impegni a studiare la basi di algoritmi e strutture dati (come ti è già stato suggerito in precedenza).