Se usi il pagamento standard (che ti crea da solo il pulsante di pagamento), puoi impostare anche le "opzioni del metodo di spedizione" (dovrebbe essere sotto "preferenze per la vendita" nel tuo profilo).
Puoi scegliere tra un importo numerico ed uno percentuale, fino a 5 fasce di prezzo (ad esempio puoi dirgli che tra 0 e 20 euro la spedizione costa 7 euro, tra 21 e 100 euro costa 6 euro e via dicendo).
E' un sistema rudimentale e poco efficace visto che le spese di spedizione non cambiano in base al costo della merce, quanto in base alle dimensioni. E comunque con questo sistema non puo sceglierle l'utente, è un calcolo automatico.
Dovresti implementare paypal in altra modalita, quella che ti consente di passare parametri personalizzati.
Si basa sull'invio di un modulo html con dei campi nascosti (hidden), ciascuno con un nome ben definito, che paypal è in grado di riconoscere ed usare.
Se però non hai dimestichezza con html e con un linguaggio dinamico (php, asp che sia) ti conviene ricorrere alla consulenza di un programmatore.