Il heap generalmente ha una dimensione massima predefinita, che comunque si può modificare con una apposita opzione non standard quando si lancia 'java'.
si questo lo so pero' temo che aumentando la dimensione dell'heap rischierei solo di appesantire il motore di tomcat in quanto la mia applicazione gira sotto tomcat. (ho visto che basterebbe modificare il file catalina.sh per aumentare la dim dell'heap)



Dipende .... nel senso che bisogna vedere di quale "lista" stai parlando .... se usi una di quelle del framework .... o se vuoi implementarne tu una.
sono semplici liste di oggetti in java non ho capito a cosa ti riferisci quando dici "quelle del framework", io sto usando spring.