si questa è la soluzione, almeno quando ho incontrato lo stesso problema (che è da ricondursi al timeout dello script), inviavo "pacchetti" di mail di 5 redirezionando alla pagina stessa passandomi l'id dell'ultimo utente al quale era stata inviata la mail cosicchè lo script avrebbe reiniziato l'invio da lì.
Naturalmente ordina il tuo set di dati in base all'id utente.