Infatti, nel ciclo esterno chiami il ciclo interno.
Cambi tutte le volte il colore nel ciclo esterno e in quello interno colori tutti i nodi.
risultato : in sequenza cambi il colore da o a 12 a tutti i nodi che ti restano di colore 12 alla fine.
Dovresti :
1) La prima volta crearti i nodi e dagli un colore di base (nero)

codice:
for(int k=0; k<asc.length;k++)
{ 
        disegnatoreGrafo.addVertice(asc[k], ord[k], nomi[k]); 
        disegnatoreGrafo.evidenziaVertice(nn, getColore(2)); 
        nn++; 
}
dopodichè prova a settare il colore di un solo vertice con :

codice:
        disegnatoreGrafo.evidenziaVertice(3, getColore(10));