Quasi sicuramente tutte le tue preferenze, vengono salvate in un DB.

Esempio:

Fai finta di avere una tabella preferenze con i seguenti campi

Colore testo, Colore sfondo, dimensione testo, id_utente

E poi fai finta che a me corrisponde una riga del genere

#FF00000, #00FF00, #0000FF, 1

A te invece

#FF000FF, #22FF00, #5500FF, 2

Poi ovviamente in base alla pagina che stai visualizzando, vai a leggere le preferenze per l'utente loggato!

Sono stato un pò più chiaro?