Innanzitutto gli script Javascript vengono eseguiti sul computer client (del navigatore), quindi puoi escludere al 1000% che si tratti di un problema di aruba, mica parliamo di un linguaggio server side.

Intanto Autocompleter richiede di includere anche controls.js di scriptaculous, e tu non l'hai fatto, quindi dubito che il tuo script funzioni anche in locale sul tuo computer.
Codice PHP:
//tuo sbagliato
<script type="text/javascript" src="scriptaculous.js?load=effects,builder"></script>

//esatto
<script type="text/javascript" src="scriptaculous.js?load=effects,builder"></script> 
p.s. naturalmente serve anche prototype, ma quello lo hai già incluso.