Allora devi modificare la seguente scritta
<script type="text/javascript" src="file:///C|/Copia%20di%20SitoFondazione/Menu/menu.js"></script>

devi mettere cosi

<script type="text/javascript" src="Menu/menu.js"></script>

è l'errore più frequente quando si pubblica, in locale lo vedi perchè riesce a vedere il percorso completo mentre in remoto non trova logicamente questo percorso perchè non esiste nel sito.
Ricordati che che quando pubblichi questo javascript di metterlo nella cartella Menu.

Ciao