Certo, tu apri il file, lo leggi e poi ci scrivi. In questo modo il puntatore dopo la lettura e' alla fine del file, quindi il contenuto viene aggiunto in coda. Devi:

- aprire il file in lettura
- leggerlo
- chiuderlo

- aprire il file in scrittura
- scriverci
- chiuderlo

codice:
<?php
$string = 'Stia - Informatica - Prof.Mapo';
$user   = 'elmapomapo';
$file   = 'data.txt';

$file_name = 'data.txt';
$fp = fopen($file_name, 'r');
$content = fread($fp, filesize($file_name));
fclose($fp);

if ($content = preg_replace("#$string\s*\[/pren/\]#", "$0$user;", $content)) {
	echo "E' andato 
";
	$fp = fopen($file_name, 'w');
	fwrite($fp, $content);
	fclose($fp);
}
?>