Come già detto da cavicchiandrea, ritengo l'uso contemporaneo di più framework su una stessa pagina "una grossa porcata", anche se tecnicamente è possibile.

Non so bene quale plugin di JQuery stai usando per l'autocompleter, visto che ce ne sono diverse versioni, ma se ne leggi bene la documentazione con qualche sforzo in più secondo me riesci a configurarlo, magari postando in questo stesso post i problemi riscontrati.

Se invece volessi fare tutto con Scriptaculous e Prototype, puoi sostituire lo script per lo slideshow, e a tal proposito mi sento di consigliarti Carousel di Victor Stanciu, uno script molto completo e simile a quello che hai utilizzato.